船难中幸存的孕妇克劳迪娅被一位神秘妇人带入山洞,妇人声称岛上只有她一人。克劳迪娅突然分娩,生下一对双胞胎男孩——雅各布和他尚未命名的弟弟。然而生产后,妇人却残忍地杀害了克劳迪娅。
十三年过去,弟弟在沙滩发现一个古老棋盘,无师自通地理解规则。他央求雅各布向母亲(即那位妇人)保密,但雅各布最终还是在逼问下坦白。妇人找到弟弟,承认棋盘属于自己,并称他“特别”,但告诫他海对岸空无一物。两兄弟追捕野猪时,意外发现三名外来者。妇人警告这些人是来“争斗、破坏、堕落”的恶徒,并用布蒙住兄弟双眼,强调绝不能踏足岛对面,否则将招致伤害。她带他们来到一个散发光芒的洞穴前,解释这光芒存在于每个人心中,但贪婪者会试图夺取它,导致光芒熄灭、世界黯淡。她预言兄弟中有一人终将守护此地。
下棋时,弟弟见到了雅各布无法看见的克劳迪娅的幽灵。她带他潜入岛对面,揭示船员们的营地,并揭露妇人弑母的真相。当夜,弟弟试图带雅各布逃离,却遭雅各布殴打。妇人出面阻拦后,终于承认杀害生母是为保护他们不被“坏人”带走。
三十年后,雅各布仍暗中观察岛外来客,而弟弟(已成为黑衣人)不断游说他离开。黑衣人指责外人自私贪婪,却声称他们能提供离岛方法。妇人察觉异常,在井底找到黑衣人。黑衣人展示了他发现的洞穴光芒,两人拥抱告别后,妇人却击晕他并封井焚营。黑衣人醒来目睹惨状,拾起残破棋盘悲痛欲绝。
妇人带雅各布到光之洞穴,命其守护此地,严禁进入。她斟酒令雅各布饮下,宣告“此刻你我合一”。待雅各布离开,妇人回到居所,发现棋盘上摆放着装有黑白石子的布袋——旋即被黑衣人刺杀。垂死时她低语:“因为我爱你…谢谢。”雅各布赶来与黑衣人搏斗,将其抛入洞穴。霎时地动山摇,黑烟涌出。雅各布在岸边寻得黑衣人遗体,含泪将其与妇人并排安葬。